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基于GEO数据库应用WGCNA和机器学习算法筛选肝细胞癌相关核心基因及验证  期刊论文  

  • 编号:
    155635D35DF496211051FAB39FF27F1D
  • 作者:
    张博超[1] 李强 张如 孟杰
  • 地址:
    濉溪县人民医院检验科;皖南医学院检验学院;
  • 语种:
    中文
  • 期刊:
    现代检验医学杂志 ISSN:1671-7414 2026 年 41 卷 1 期 (86 - 92+99) ; 2026年1月
  • 收录:
  • 关键词:
  • 摘要:

    目的 基于基因表达综合数据库(GEO)信息,筛选与肝细胞癌(HCC)相关的核心基因,评估其在预测HCC发病方面的临床应用价值。方法 从GEO数据库下载HCC基因表达谱GSE14520、GSE63898,将数据合并后作为内部数据集。以P<0.05且|log2 FC|>3.5为条件筛选HCC的差异基因,并与加权基因共表达网络分析(WGCNA)特征基因取交集后,筛选与HCC相关的核心基因。利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析核心基因的潜在功能。利用机器学习算法构建HCC的最优预测模型,并使用外部数据集GSE46444和GSE76427进行模型验证。通过Cytoscape和PPI软件筛选关键核心基因,开展细胞增殖和侵袭实验验证。结果 通过差异表达分析和WCGNA分析筛选出6个核心基因,分别为CYP1A2、HAMP、MT1H、MT1M、GPC3、SPINK1。通过GO和KEGG通路富集分析,核心基因与金属离子反应、无机物质反应、矿物质吸收相关。机器学习算法筛选出Stepglm[both]与XGBoost算法确定HCC的最优模型,在内部数据集的AUC值为0.996(95%CI:0.991~0.998),在外部数据集GSE46444组和GSE76427组的AUC值分别为0.808(95%CI:0.727~0.877)和0.985(95%CI:0.971~0.996)。通过Cytoscape软件分析鉴定出的3个基因分别是MT1M、MT1H、GPC3,并且MT1H为HCC的关键核心基因。细胞实验发现敲除MT1H促进了肝癌细胞的增殖能力及侵袭能力(F=261.2、37.54,均P<0.001),表明MT1H具有抑癌作用。结论 通过生物信息学筛选出CYP1A2、HAMP、MT1H、MT1M、GPC3、SPINK1可能是HCC潜在的生物诊断标志物,为HCC的临床诊疗提供思路。并且MT1H为HCC的关键核心基因,可以抑制HCC进展。

  • 推荐引用方式
    GB/T 7714:
    张博超,李强,张如, 等. 基于GEO数据库应用WGCNA和机器学习算法筛选肝细胞癌相关核心基因及验证 [J].现代检验医学杂志,2026,41(1):86-92+99.
  • APA:
    张博超,李强,张如,孟杰.(2026).基于GEO数据库应用WGCNA和机器学习算法筛选肝细胞癌相关核心基因及验证 .现代检验医学杂志,41(1):86-92+99.
  • MLA:
    张博超, et al. "基于GEO数据库应用WGCNA和机器学习算法筛选肝细胞癌相关核心基因及验证" .现代检验医学杂志 41,1(2026):86-92+99.
  • 入库时间:
    2/5/2026 9:30:01 PM
  • 更新时间:
    2/5/2026 9:30:01 PM
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